次級淋巴器官包括：骨髓、脾臟、哈德氏腺、結膜相關淋巴組織，支氣管相關淋巴組織和腸道相關淋巴組織。

骨髓是造血器官，也是重要的免疫器官。骨髓能產生一種特殊的細胞，叫“多功能干細胞”，它隨血液運行到機體不同部位，分化為不同的免疫細胞，例如運行到法氏囊就分化演變為B淋巴細胞，運行到胸腺就分化為T淋巴細胞，體內所有免疫細胞均由它分化而成。此外，骨髓本身也是多功能干細胞分化為某些免疫細胞的場所。

脾臟位于腺胃右上方，成年雞的脾臟約有白果大，呈棕紅色，近于球形。脾臟內有來自法氏囊的B細胞和來自胸腺的T細胞，是免疫應答的重要場所，也是產生抗體和效應細胞的重要場所。

淋巴組織肉眼明顯可見的只有盲腸扁桃體，此外許多器官的粘膜層均有彌散性淋巴組織，眼部的哈德爾氏腺淋巴組織最為豐富。

免疫系統是指存在于雞體內具有免疫功能的器官、組織、細胞(淋巴細胞等)和分子(抗體)組成的完整解剖系統、并具有一定生理功能的結構。免疫系統主要包括參與免疫應答的中樞免疫器官、外周免疫器官和各種免疫細胞。雞及其他鳥類的免疫器官的結構和功能與哺乳類動物基本相似，但也存有一定的差異，其中最為重要的差別是鳥類有一個特殊的免疫器官—法氏囊；另外，雞和大部分鳥類沒有淋巴結而只有集合淋巴組織。